玉环港航分局是台州市玉环县人民政府下属的正科级事业单位，于2005年由台州市港务管理局大麦屿港务分局、玉环县航运管理所成建制合并组建而成。同时，台州市船舶检验局玉环船检分局、台州市航道管理局玉环航道分局，并挂在台州市港航管理局玉环港航分局。玉环港航分局目前内设办公室、港政管理科、建设规划科（航道管理）、运输管理科、执法监督科、船舶检验科、大麦屿港航管理所、坎门港航管理所、楚门港航管理所、引航管理站和航政艇等机构。