国家卫星海洋应用中心是国家海洋局直属的部委正司级单位，设有办公室（财务处）、党委办公室、人事处、科技处、工程管理处、条件保障处（基建办公室）6个处级机构；业务部门设有运控处理部、应用发展部、系统工程部、定标检验部、开放实验室5个处级机构；设置了北京海洋卫星地面接收站、三亚海洋卫星地面接收站、牡丹江海洋卫星地面接收站3个处级地面接收站。国家卫星海洋应用中心主要拟订我国海洋卫星与卫星海洋应用体系发展规划和海洋卫星应用技术规范和标准，以及海洋卫星应用技术规范和标准，负责我国海洋卫星系列发展和卫星海洋应用工作，为海洋经济、海洋管理、公益服务及海洋安全提供保障和服务。