海洋微生物菌种保管中心是专业从事海洋微生物菌种资源保藏管理的公益基础性资源保藏机构，主要负责全国海洋微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与国际交流，为国内科研院所以及检验检疫等部门提供各种菌种服务，包括资源共享与委托保藏。此外，还可为海洋微生物新物种发表提供菌种保藏证明。海洋微生物菌种保管中心依托于国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室，设有冷冻真空干燥菌种保藏库、液氮冻结菌种保藏库和超低温冰箱冻结菌种保藏库，具备微生物菌种的保藏、管理与服务的基本功能，在海上调查、新资源采集、应用潜力评估、资源共享与平台建设等方面开展了大量工作。