中科院云计算中心
中科院云计算中心是由中国科学院与广东省东莞市人民政府共建的大型云计算研发机构，也是中国科学院首次与地方政府共建的云计算专业研发机构，以及拥有国内首个自主产权的云计算平台，汇聚了中科院计算所、遥感所、电子所、自动化所、软件所、声学所、网络信息中心等相关研究单位在云计算领域的技术、人才、设备和网络等核心科技创新资源，形成了云计算研发、创新、运营、产业育成的基地。中科院云计算中心以品牌、人才、技术、设施和机制等五个方面作为基本支撑，着力建设人才培养、技术创新、产业育成、科技金融等四大平台，建设了云基础设施公共平台，拥有完善的机房设施、高品质网络环境、丰富的宽带资源和实时监控设备；内设8个分中心和2家高科技企业，与相关企业联合共建了12个实验室，以发展战略性新兴产业、推动传统产业升级、主导产业聚集为方向，以抢占云计算技术制高点和成为产业升级转型发动机为使命，致力于打造世界一流的云计算产业育成生态系统，成为我国云计算技术源头创新基地，新产业育成基地和高层次创业创新人才培养基地。
中科院高能物理研究所
中科院高能物理研究所是我国从事高能物理研究、先进加速器物理与技术研究及开发利用、先进射线技术与应用的综合性研究基地，也是中国高能物理学会、粒子加速器学会、核电子学与探测技术学会、同步辐射专业委员会、引力与相对论专业委员会、毒理学会纳米毒理学专业委员会的挂靠单位，开创并推动了中国的粒子物理实验、粒子天体物理实验、粒子加速器物理与技术、同步辐射技术及应用等学科领域的研究和发展，培养了一批优秀科学家，取得了一批高水平研究成果，研发了许多高技术产品，为国家科技事业发展作出了重要贡献。中科院高能物理研究所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室，以及粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室2个中国科学院重点实验室和北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。
中科院软件研究所
中科院软件研究所位于北京海淀区中关村南四街4号中国科学院软件园内，是一所致力于计算机科学理论和软件高新技术的研究与发展的综合性基地型研究所，现拥有无锡、重庆、哈尔滨、广州、青岛、南京、贵阳七处研究所分部研发基地，已形成了以多个国家重点实验室、国家工程研究中心为龙头的基础前沿研究、软件高技术研究和软件应用研究三大科研体系，建立了计算机科学、计算机软件、计算机应用技术等重点学科领域和相关学科方向的学科布局。中科院软件研究所设有软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部等四个研究部以及总体部，集中了一批学术造诣深厚、享誉国内外的科学家，拥有一支高素质、高水平的青年科技人才队伍；现有计算机科学与技术、软件工程两个一级学科硕士、博士研究生培养点，计算机技术、软件工程两个全日制专业学位硕士研究生培养点；并设有计算机科学与技术、软件工程两个博士后科研工作流动站。
中科院古脊椎所
中科院古脊椎所是我国目前唯一专门从事古脊椎动物学、古人类学及相关生物地层学研究的学术机构，现设有古低等脊椎动物研究室、古哺乳动物研究室、古人类及旧石器研究室和环境演化研究室四个研究室，以及周口店古人类研究中心和中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室；并设有古生物学与地层学、地球生物学、科技考古专业的博士、硕士研究生培养点和博士后科研流动站。中科院古脊椎所建有国内规模最大的古脊椎动物、古人类化石及石器标本的标本馆，馆藏标本达20万件；建有世界规模最大、条件最齐全的标本修理室，业务涵盖了化石修理、模型制作、复原装架、标本清绘、生态复原制图、化石照相等；拥有一个对公众开放的中国古动物馆，每年接待国内外观众10余万人；挂靠学会有中国古脊椎动物学分会、中国第四纪科学研究会古人类—旧石器专业委员会、中国第四纪科学研究会地层专业委员会。主办刊物有《中国古生物志》（丙、丁种）、《古脊椎动物学报》、《人类学学报》、《中国科学院古脊椎动物与古人类研究所集刊》等专业杂志和《化石》、《恐龙》科普杂志。
中科院人事局
中科院人事局是中国科学院的人事管理机构，主要负责人力资源规划、政策、规章制度等的研究制定，领导干部队伍建设与管理，各类人才计划、博士后等综合管理，机构设置、事业编制与岗位配置管理，薪酬、激励、保障等人事管理，职工继续教育与培训工作，院机关人事管理等，对口联系国家有关部门，承担院领导交办的工作。中科院人事局目前设置有综合处、领导干部处、人才处、机构与岗位管理处、薪酬与社会保障处、继续教育与干部监督处、机关人事处(机关党委办公室)等机构。
中科院遥感地球所
中科院遥感地球所是在中国科学院遥感应用研究所、中国科学院对地观测与数字地球科学中心基础上组建的直属于中国科学院的综合性科研机构，设置科技机构、管理机构、支撑机构、咨询机构等，其中遥感科学国家重点实验室、对地观测应用技术中心、国家遥感应用工程技术研究中心、中科院数字地球重点实验室、中国遥感卫星地面站、中科院航空遥感中心是科研与运行工作的主体。中科院遥感地球所拥有联合国教科文组织、科技部、发改委等机构设立的空间技术中心、国家工程实验室、工程技术中心、陆地卫星数据中心等科研平台与基地，致力于研究遥感信息机理、对地观测与空间地球信息前沿理论，建设运行国家航天航空对地观测重大科技基础设施与天空地一体化技术体系，构建形成数字地球科学平台和全球环境与资源空间信息保障能力。
中科院上海分院
中科院上海分院是中国科学院的派出机构，主要负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作，在物质科学与技术领域，包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等；在信息科学与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营研究等优势研究领域有着长期的积累。中科院上海分院现有上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海生命科学研究院、上海天文台、上海药物研究所、上海巴斯德研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所和上海高等研究院。上海分院系统有13个国家重点实验室、31个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心14个法人研究机构。